現在のバージョンはver0.13です。(2017/01/04)
(修正内容はゲーム同梱の更新履歴.txtに記載しております。)
ご報告いただいた残りのバグはver0.14以降にて修正予定です。

戦闘系をいじるのは時間がかかりますので、
申し訳ありませんがもうしばらくお待ちくださいませ。

【修正予定項目】
・消えた弾幕の判定残り
・ひとつの敵弾に複数回ヒットすることがある
・寝床の光のクリック判定が甘い?
・ツクールMVの重さ(さらに)軽減策

あと、質問なのですが…
ボスの弾幕、難しいでしょうか?
元々死に覚えゲーのつもりで作った弾幕ですが、
それでもやはり厳しめにしすぎたかな・・・と心配になりまして。
このあたりは、頂いたご意見を鑑みて調整したいと思います。